工藤新一是全国著名的高中生侦探,在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现,击晕后喂了神奇的药水,工藤新一变回了小孩!新一找到了经常帮助他的阿笠博士,博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复,新一决定隐姓埋名,暗中追查他们,希望能得到解药。一日,新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落,被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南,随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探,新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生,他们一起组织了一个少年侦探团,向罪犯宣战!
黎明时分,太阳将要升起的时候是机器人空中巡逻最松懈之时,东风基地南两公里处,一片枯树林中站着一排人,孙奎在队伍前来回走动着,一边做着思想动员,“同志们,现在你们已经掌握了大部分协同做战要领,接下来我们要进行交通工具方面的训练,过去我们人类与丧尸为敌,但现在为了打败外星侵略者丧尸部队与人类部队进行了合作,我们形成了统一战线,它们为了提高人类的行动能力特意派来二十只变异巨蛙,有了它们我们可以不用汽、柴油便在茫茫沙漠中穿行,来回与各城市之间搜寻物资,今天我们开始训练骑蛙做战,每个人有半个小时的练习时间,我希望你们认真听从楚指导员的教学,哪个敢给我偷懒取巧罚今天不吃午饭!”